Es una mezcla de las prácticas que lograron sobrevivir de las tribus indígenas y de las que trajeron los colonizadores europeos. La población mestiza creía más en la medicina de los curanderos que en la sabiduría del médico español; lo mismo sucedía con los indígenas quienes tenían sus propios chamanes, especialmente para las pestes o enfermedades invisibles. Los afrodescendientes también tenían sus propios curanderos, aunque creían en el poder del chamán de las comunidades indígenas.
Cuando se inició el siglo XVIII había en la Nueva Granada buena cantidad de médicos, cirujanos y boticarios y un afán por construir hospitales en las principales poblaciones; como Cartagena y Santafé eran las ciudades más importantes había más actividad médica, pero eran también los centros donde empezaban las epidemias, porque por aquí circulaban personas de todas las condiciones. Por ejemplo, entre 1700 y 1702 se desató en Santafé una epidemia de viruela que produjo 700 muertos y siete mil en todo el territorio del Nuevo Reino de Granada, aunque no se tenían datos de las rancherías y aldeas perdidas entre pueblo y pueblo.
En 1704 le llegó el turno a la ciudad de Pasto, y el número de víctimas fue tan grande “que se despobló el vecindario”. Muchas personas se refugiaron en sus haciendas y en aldeas escondidas para evitar el contagio; sin embargo murieron 100 blancos y cinco mil indios. En la medida en que aparecían epidemias se pensaba más en los hospitales. El de San Pedro, en Santafé, ocupaba un lugar estrecho e inadecuado, en el corazón de la ciudad, junto a la Catedral; en este hospital, como era el único, se refugiaban eclesiásticos, indígenas, enfermos incurables y los locos y terminaban por contagiarse entre ellos; por esta razón se empezó a construir el nuevo hospital al occidente de la ciudad, y se inauguró en 1739, con el nombre de San Juan de Dios.
Hasta 1750 los intentos por crear cátedras de medicina, especialmente en Santafé, habían fracasado y la medicina que se practicaba era la indígena, la mestiza y la española. La medicina que va a conducir a la científica se inició con la llegada de José Celestino Mutis, en 1760, quien trajo la versión española.
Albeiro Valencia Llano 